Через несколько лет станет обязательной не только государственная аттестация в форме Единого госэкзамена для выпускников школ, но и внешняя независимая аттестация для выпускников девятых классов.
Экзамен будет иметь муниципальный уровень и называться «Единый муниципальный экзамен» (ЕМЭ). Эксперимент с «ЕГЭ для девятиклассников» проходит уже четвертый год, но пока не во всех регионах РФ. В ближайшие годы ЕМЭ будет введен во всех регионах, а с 2010 года станет обязательным. В ходе ЕМЭ уровень образования девятиклассников будут оценивать не их же учителя, а независимые государственные комиссии, созданные на региональном или муниципальном уровне. Экзамен будет проходить в письменной (тестовой) форме в специально предназначенных для его проведения пунктах. В перспективе предполагается, что будет выстроена цельная система оценки качества знаний учащихся. Государственный экзамен охватит всех выпускников школ и учреждений профессионального образования, выпускников средней школы (9 класс) и младшей школы (4 класс). По словам министра образования и науки РФ Андрей Фурсенко «такие нововведения позволят вузам смотреть на абитуриентов не только по результатам единственного ЕГЭ, а полностью составить «картину» успеваемости и одаренности каждого ученика в течение 11 лет обучения в школе».